7 ноября 2004 года, в день премьеры сезона «Зимовка», участники шоу переехали из бараков в построенный дом, который на тот момент являлся главным призом проекта. Из-за существенно возросшего зрительского интереса дата закрытия проекта сдвинулась на 2005 год, который прошел под знаком 3 сложившихся пар - Ольги Бузовой и Романа Третьякова, Алены Водонаевой и Степана Меньщикова, Ольги «Солнце» Николаевой и Мая Абрикосова (Романа Тертишного). Именно эти пары вызывали у зрителей наибольший интерес, что показывают результаты борьбы за призы квартала. Всего таких призов было 3.

1 мая 2005 года - Алена Водонаева и Степан Меньщиков, получив наибольшее количество голосов выиграли сумму в 1000000 рублей, чем вызвали недовольство у пары Ольги Бузовой и Романа Третьякова, нередко переходившее в конфликт между этими участниками.

1 августа 2005 года - 1000000 рублей получила пара Ольги Бузовой и Романа Третьякова, затронувшая зрителей своими отношениями на тот момент сильнее, нежели остальные.

1 ноября 2005 года - последний приз квартала достался Ольге «Солнце» Николаевой и Маю Абрикосову. К тому времени в их отношениях уже наступил кризис, однако зрители решили поддержать ребят, отдав именно им 1000000 рублей. В этот раз обиду высказала пара Анастасии Дашко и Сэма Селезнева, которые по итогам голосования оказались лишь на третьем месте.

В течение 2005 года доминирование нескольких сильных пар проекта было явным. Новички, приходящие на телестройку каждую неделю не только не могли выполнить задачу «построй свою любовь», но и банально задержаться на проекте дольше, чем на месяц. На голосованиях, так называемые «старички» «Дома-2», герои, находящиеся в шоу наибольшее количество времени, голосовали против новеньких и тем самым не допускали образования новых пар и возможной конкуренции с их стороны. Таким образом 8 «старых» участников «Дома-2» имели всегда на 1 голос больше, если кому-то из них угрожала опасность со стороны новичков. Долгое время новым участникам не приходила мысль объединиться и выгнать какую-либо из «старых» пар, чтобы переломить сложившуюся ситуацию. Так продолжалось до сентября 2005 года, когда на проект пришел Рустам Солнцев (Калганов). За короткое время он из обычного новичка стал практически главным героем шоу, перетянув большую часть эфирного времени на себя. Рустам пытался организовать ребят, которые пришли в «Дом-2» не так давно, и выгнать с проекта сначала Анастасию Дашко, а затем и Ольгу «Солнце» Николаеву. Его планы потерпели неудачу, потому что новички не были готовы к решительным действиям и войне против героев шоу. Многочисленные конфликты Рустама Солнцева со «старичками» привели к драке с Сэмом Селезневым на крыше дома. Сэм ударил Рустама после того, как узнал значение слово «мещанин», которым последний называл его. На экстренном лобном месте ведущие «Дома-2» Ксения Собчак и Ксения Бородина приняли решение удалить Сэма с проекта навсегда, однако, принимая во внимание ценность их с Настей пары, ограничились дисквалификацией на месяц. Конфликты Рустама со «старожилами» проекта продолжались и он принял решение покинуть «Дом-2». Однако его влияние на судьбу реалити-шоу оказалось значительным, организаторы шоу обратили внимание на застой и стагнацию проекта, после чего было решено провести «перезагрузку» проекта.

15 ноября 2005 года - начало сезона «Новая Любовь», открытие нового дома, приход 6 новых участников и переезд 3 самых «старых» пар в комнаты первого дома. Ольга Бузова и Роман Третьяков, Алена Водонаева и Степан Меньщиков, а также Ольга «Солнце» Николаева и Май Абрикосов получили официальный статус «старичков» и привилегии. С этого момента против них нельзя было голосовать, однако и они лишались этого права. Все же возможность выгнать эти пары участникам предоставлялась 1 раз в месяц, в этот же день в голосовании принимали участие и «старички». В итоге ни одна из «старых» пар не покинула проект путем голосования. В день «перезагрузки» «Дома-2» ведущие объявили, что «старички» имеют право покидать площадку на необходимое им время, а также заниматься делами, связанными с творчеством. Ольга Бузова и Роман Третьяков стали ведущими еженедельного ночного ток-шоу «Роман с Бузовой», которое закрыли из-за низкого рейтинга после примерно 15 выпусков. Алена Водонаева и Степан Меньщиков должны были сниматься в сериале, однако этот проект так и не был осуществлен. «Солнце» записывала музыкальный альбом, который не вышел до сих пор, равно как и спектакль по мотивам реалити-шоу «Дом-2», режиссером которого должен был стать Май Абрикосов, позже от этой идеи отказавшийся.

6 декабря 2005 года состоялся концерт героев «Дома-2», представивших свои песни в «Олимпийском» на суд огромной аудитории зрителей. С этого момента начался гастрольный тур поющих участников проекта по городам России. Дата финала шоу снова была перенесена на неопределенный срок.

2006 год стал годом конкурсов.

15 мая 2006 года начался конкурс «Королева «Дома-2», который проводился среди девушек проекта. «Королеву» выбирали зрители путем SMS-голосования. В финал вышли Ольга Бузова, Анастасия Дашко и «Солнце». 19 июня 2006 года конкурс завершился, победительницей стала «Солнце», получившая более 45000 голосов, она выиграла автомобиль, Ольга Бузова за 2-ое место получила подарочный сертификат на $2000, Настя Дашко, оказавшаяся 3-ей - $1000. После оглашения результатов, Роман Третьяков, недовольный 2-ым местом своей девушки на прошедшем конкурсе, обвинил организаторов в подтасовке голосов в пользу «Солнца». Ведущая Ксения Собчак продемонстрировала на лобном месте доказательства честного голосования, после чего Роман забрал свои слова обратно.

С 10 июля по 21 августа 2006 года проводился конкурс среди парней проекта под названием «Супермен «Дома-2». Сэм Селезнев, занявший 1-ое место получил в награду внедорожник, 2-ое и 3-е места заняли Степан Меньщиков и Роман Третьяков соответственно. По аналогии с «Королевой «Дома-2» им были вручены денежные вознаграждения. Нельзя упустить из внимания тот факт, что во время зрительского голосования за победителя конкурса, Степан Меньщиков призывал отдавать голоса за своего соперника - Сэма.

25 сентября 2006 года начался конкурс для пар реалити-шоу под названием «Самая умная пара «Дома-2». 30 октября были объявлены результаты SMS-голосования, которые выявили пару-победителя - «Солнце» и Дмитрий Шмаров, именно им досталась поездка в Париж. Приз за 2-ое место, ноутбук, получила пара Виктории Боня и Степана Меньщикова. Смартфон и 3-е место получили Алена Водонаева и Май Абрикосов.

2007 год начался с ухода одного из самых «старых» участников проекта. 1 января 2007 года ведущие Ксения Собчак и Ксения Бородина приняли решение выгнать Мая Абрикосова из шоу. Они объяснили свое непростое решение тем, что моральный облик этого героя не несет ничего положительного, а цель его пребывания на проекте, правила которого он не соблюдает, не ясна. В течение длительного времени Май не участвовал в жизни шоу: не общался с участниками проекта, отказывался выходить на лобное место для обсуждения произошедших за день событий, отказывался отвечать на вопросы ведущих. В итоге после 906 дней на «Доме-2» Май Абрикосов навсегда отправился за ворота.

Уже 12 апреля 2007 года зрителей ждал новый «большой» уход. В день «мужского» голосования «Дом-2» покинул Антон Потапович, находившийся на площадке 439 дней, но большей неожиданностью стало то, что Виктория Боня, имеющая в своем активе 338 прожитых на проекте дней, решила уйти за своим другом. Виктория Боня была одним из «лиц» проекта, которая появлялась в предстартовой заставке «Дома-2» и промо-роликах ТНТ. После ухода стала ведущей программы «Cosmopolitan. Видеоверсия» на телеканале ТНТ.

12 июня 2007 года Алена Водонаева, прожившая на телестройке 1067 дней, объявила о своем уходе, мотивируя это тем, что не хочет больше «строить» ни с кем отношений на проекте после ухода Мая Абрикосова.

30 августа 2007 года - еще одной неожиданностью стал уход Романа Третьякова, который после 1202 дней в реалити-шоу решил покинуть «Дом-2» на неопределенный срок по причине того, что должен решить некие семейные проблемы родителей. Он оставил на проекте свою девушку Ольгу Бузову, пара с которой на тот момент считалась самой крепкой, но так и не вернулся. В начале 2008 года зрители могли видеть в эфире «Дома-2», как Ольга Бузова и Роман Третьяков официально расстались.

Главным призом телепередачи заявлен жилой дом в пригороде Москвы, по замыслу организаторов программы, построенный самими участниками за длительное время существования шоу. Дом должен быть разыгран по закрытии телепроекта среди пар, образовавшихся во время игры, по итогам голосования телезрителей. Однако дата окончания проекта неизвестна. С весны 2004 до настоящего времени в шоу приняло участие более трехсот молодых людей и девушек в возрасте от 18 до 43 лет.

«Дом-2» является самым продолжительным реалити-шоу в мировой истории, за что включён в книгу рекордов Гиннеса.

Среди участников проекта трое побывали в тюрьме: Алексей Адеев (был задержан в июле 2005 прямо на съёмках и позднее приговорен к 4,5 годам колонии строгого режима за мошенничество), Кирилл Комаровский (покинул проект в марте 2006 и позднее совершил мошенничество, будучи работником риэлторской фирмы), Вячеслав Попов (был задержан в Сыктывкаре в августе 2006 года за незаконное приобретение и хранение наркотических средств в крупном размере).